На аппаратном ключе Рутокен, действительно, нет ни одного сертификата, соответствующего требованиям. Откройте "Панель управления Рутокен" - вкладку "Сертификаты". На ключе Рутокен должен быть ГОСТ-сертификат формата PKCS#11.
Возможно, сертификат не записан, или присутствует сертификат другого формата, например "КриптоПРО CSP" - сертификат этого формата не подходит для входа в личный кабинет ЕГАИС.
На аппаратном ключе присутствует ГОСТ-сертификат формата PKCS#11, однако он может быть поврежден или не соответствовать требованиям. Обратитесь в нашу службу технической поддержки. Мы поможем решить проблему с сертификатом.