Если ваш токен или смарт-карта вставлена в терминал, а в программе терминального клиента настроен проброс смарт-карт, то Рутокен работать будет. 

Если же Рутокен вставлен в сервер, а к нему пытаются обратиться удаленно, то такая схема работать не будет. 

Обратите внимание: При использовании модели Рутокен S, "Драйверы Рутокен" должны быть установлены и на терминал и на сервер. В противном случае, Рутокен не будет определяться корректно

В Citrix будет ситуация аналогичная использованию Рутокена в RDP.

 
Другие системы терминального доступа, такие как RAdmin, TeamViewer или VNC, напротив, позволяют работать с токеном удалённо, но не позволяют пробросить клиентский токен на удаленную машину.

Более правильной считается работа по RDP протоколу, так как токен является персональным устройством и должен находиться при пользователе. Его удаленное использование противоречит самой идее двухфакторной аутентификации.

Установка драйверов Рутокен через RDP возможна на операционных системах начиная с Windows Vista.

 
На более ранних операционных системах будет выдаваться сообщение, что установка запущена через удаленное подключение. И драйверы Рутокен устанавливаться не будут.

При подключении к удаленному рабочему столу необходимо проверить, что включен проброс смарт-карт.