...
1. Самым оптимальным вариантом является использование другой более современной операционной системы современнее Windows XP, где указанных проблем не возникает.
2. Если работа будет производиться все-таки на Windows XP, можете производить ручное удаление устройства (выполняется каждый раз, когда Рутокен Web подключается второй раз после извлечения из уже использованного USB-порта или после перезагрузки компьютера):
...