Для инициализации устройств Рутокен разработано специальное программное обеспечение. Оно предназначено для операционных системах Windows и Android.
Для Windows разработана Утилита инициализации, а для Android – приложение для инициализации.
При помощи этого программного обеспечения можно выбрать параметры для настройки (алгоритм хеширования, время до отключения неиспользованного устройства и т.д.), а также выбрать тип инициализации и импортировать секретный ключ.